zhangyongling 发表于 2015-6-18 17:18:50

蛋白质数据库简介

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1.PIR(Protein Information Resource)数据库
功能:蛋白质序列数据;蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源;关于原始数据的参考文献;蛋白质功能和蛋白质的一般特征,包括基因表达、翻译后处理、活化等;序列中相关的位点、功能区域。

2.UniProt Knowledgebase数据库
由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot; UniProtKB/TrEMBL
功能:UniProtKB/Swiss-Prot中,序列数据、参考文献、分类信息(蛋白质生物来源的描述);蛋白质的功能描述;翻译后修饰;域和功能位点,如钙结合区域、ATP结合位点等;蛋白质的二级结构;蛋白质的四级结构,如同构二聚体、异构三聚体等;与其它蛋白质的相似性;由于缺乏该蛋白质而引起的疾病;序列的矛盾、变化等。

UniProtKB/TrEMBL包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列,并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。

3.蛋白质结构数据库
PDB
NCBI structure

4、蛋白质分类数据库
SCOP
CATH
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